即使没有合同，包工头仍可主张工程款。根据法律规定，只要工程实际履行，可以通过协议处理或向法院申请核实工程量来要求支付工程款。同时，收集证据起诉也是有效的手段，不应放弃合法权利。
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针对未与公司签订合同的包工头，处理方式包括与包工头协商、向相关部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼。建议先尝试协商，如协商不成，再考虑采取法律手段来维护自己的权益。