公司不能因员工未办理离职手续就缺勤而不发工资。依据《劳动法》，劳动者付出劳动后有获得报酬的权利，公司扣减工资需基于合乎程序的规章制度。若公司拒付，劳动者可向劳动部门举报，否则将损害劳动者合法权益，影响公司声誉。
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员工缺勤需依法处理工资。操作如下：首先，确认员工缺勤天数；其次，按公司规章制度或劳动法规定扣除相应工资；最后，发放剩余工资。若员工有异议，可引导其通过劳动仲裁或法律途径解决。确保每一步都合法合规，避免法律风险。
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对于员工未办理离职缺勤，公司应依法处理工资问题。常见方式有：按实际出勤天数发工资并扣除旷工天数，或依据公司规章制度适度扣减。选择时应确保符合《劳动法》规定，避免随意扣减引发纠纷。