公司分两次发工资，若经员工同意则不违法。依据《劳动法》，工资支付需按约定日期，双方协商一致即可。未及时支付可能导致劳动纠纷及赔偿。
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公司分两次发工资的处理方式，需与员工协商并明确约定。若协商不成，应遵守原工资支付约定。选择处理方式时，应优先考虑员工权益和法律规定。
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公司分两次发工资需协商。操作：1. 与员工沟通，明确工资发放方式；2. 协商一致后，签订书面协议；3. 按协议约定时间发放工资。若协商不成，按原约定执行。