强奸罪指控不成立，应疑罪从无，无罪释放。依据《刑事诉讼法》，若证据不足，检察院可不予起诉，法院也可驳回诉讼。不及时处理可能导致错误定罪，严重侵犯人权。
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强奸罪指控不成立应这样处理：1.证据不足时，公安机关需补充侦查，再送检察院审查；2.检察院审查后，若证据仍不足，可决定不予起诉；3.若案件起诉至法院，法院认为证据不足，将驳回诉讼，疑罪从无，被告人无罪释放。
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强奸罪指控不成立常见处理为补充侦查或不予起诉。应根据证据情况选择，若证据确凿则起诉，不足则补充或不予起诉，确保公正。